2015年1月，管中闵辞去“国发会主委”职务。管中闵在面对媒体时提到，他的公职生涯虽然结束，但对台湾的心愿未了，可能下学期就会回台湾大学教书，只要台大方面同意，未来也将在学校及其他层面上，继续为台湾尽一份心力。

他也不忘替自己辩解，“若涉及主权或民族感情问题，则不必刻意去刺激，我们就是坚守立场，表达异议或是抗议;大家以为我们没有，但是其实都有。”该言论遭到台湾网友的口诛笔伐，有网友称，“从来没见过你的抗议”，“简直就是卖国贼”。

《外交部：中国高度重视新冠疫苗安全性和有效性》另据台湾《联合晚报》报道，亲近管的人士透露，管中闵原是乐观、有理想的人，但接任“主委”以来，压力大，晚上常睡不好，现在离开“总算是解脱了”。而据台海网披露，管中闵在辞职声明中引用了陆游的七言绝句《剑门道中遇微雨》以明心志。