对于台湾渔民在冲之鸟海域捕鱼问题，马英九当局时期曾对日本据理力争，强调冲之鸟是“礁”不是“岛”。在蔡当局执政后，在“亲美日反中”的思维下，对冲之鸟争议的态度转趋暧昧。

此后，红旗歌舞团于1999年、2002年、2005年、2006年、2009年、2015年访华演出。其中1999年和2009年，分别受到了江泽民和胡锦涛的会见。

《解读长江保护法|将为保护母亲河提供哪些保障》马英九表示，追求正义人人支持，但如果追求正义的手段是不正义的，就不是人人支持，而是人人反对。马英九表示，他相信民众的眼睛是雪亮的，历史的裁判是严峻的，希望主政者好自为之。